L'Agenzia delle entrate, con la risoluzione 207/2007 ha precisato che nessun compenso erogato nell'ambito del rapporto di lavoro dipendente è escluso da IRPEF, a meno che la sottrazione dalla tassazione non sia espressamente prevista dalla legge.

L'Agenzia delle entrate non condivide la decisione presa dalla Corte di Cassazione con la sentenza 21517/2006 secondo cui non ogni somma corrisposta in dipendenza del rapporto di lavoro deve considerarsi di natura retributiva e quindi assoggettabile ad IRPEF. Assumono infatti funzione risarcitoria e non retributiva, le somme corrisposte al dipendente in relazione all'attribuzione di incarichi che comportino spese superiori a quelle rientranti nella normalità della prestazione lavorativa (come nel caso delle trasferte), e quindi tali da rendere l'incarico in questione depauperativo rispetto alla posizione dei dipendenti che percepiscono pari retribuzione in relazione a incombenze diverse.

Invece l'Agenzia delle entrate continua a confermare l'assoggettamento ad IRPEF dell'indennità di trasferta o missione richiamando il principio cardine della omnicomprensività dei redditi di lavoro dipendente fissato dall'art. 51 del TUIR ed in base al quale il reddito di lavoro dipendente è costituito da tutte le somme ed i valori in genere a qualunque titolo percepiti nel periodo dell'imposta anche sotto forma di erogazioni liberali in relazione al rapporto di lavoro.

Ne consegue che possono trovare applicazione nei confronti delle suddette indennità le sole deroghe previste dal TUIR.